ショップとブログは同じドメインでやるべきですか、それともサブドメインで分けるべきですか？

どちらをメインにするかによる。どちらかをメインにしてどちらかをサブにしたいだけなら同じドメインで良いと思う。そうするとナビゲーションは基本的にブログかショップのどちらかに偏ることになることは覚えておくように。

ただ、ブログもショップも両方ともメインにしたいならサブドメイン式でサイトを分けることでナビゲーション等を分かりやすくすることができると思う。